Al-Qaeda
O FBI, trabalhando junto com o Departamento de Justiça dos Estados Unidos, identificou os 19 sequestradores falecidos em apenas 72 horas. Poucos tinham tratado de ocultar seus nomes ou cartões de crédito, e eram quase os únicos passageiros de origem árabe nos voos. Assim, o FBI pode determinar seus nomes e em muitos casos detalhes como a data de nascimento, residências conhecidas ou possíveis, o estado do visto, e a identidade específica dos suspeitos pilotos.
As investigações do Governo dos Estados Unidos incluíram a operação do FBI, a maior da história com mais de 7.000 agentes envolvidos. Os resultados desta determinaram que Al-Qaeda e Osama bin Laden tinham responsabilidade dos atentados. A idêntica conclusão chegaram às investigações do governo britânico.
Sua declaração de guerra santa contra os Estados Unidos, e uma frota firmada por Bin Laden e outros chamando a matar a civis norte-americanos em 1998, são consideradas por muitos como evidência de sua motivação para cometer estes atos.
No dia 16 de setembro de 2001, Bin Laden negou qualquer participação nos atentados lendo um comunicado que foi emitido por ele por um canal de televisão via satélite do Qatar, a Al Jazeera e posteriormente emitido em numerosas cadeias americanas: "Insisto que não executei este ato, que parece ter sido executado por indivíduos com seus próprios motivos."
Entretanto, em novembro de 2001, as Forças Armadas dos Estados Unidos da América encontraram uma fita de vídeo caseiro de uma casa destruída em Jalalabad, Afeganistão, onde Osama bin Laden fala com Khaled al-Harbi. Em várias partes da fita, Bin Laden reconhece ter planejado os ataques: "Nós calculamos por adiantado a quantidade de baixas do inimigo, que morreriam devido ficarem presos na torre. Nós calculamos que os andares que deveriam ser prejudicados eram três ou quatro. Eu era o mais otimista de todos devido a minha experiência neste campo. Eu pensava que o fogo da gasolina do avião derreteria a estrutura de ferro do edifício e somente faria colapsar a área onde o avião se chocara e os andares acima. Isso era todo o que esperávamos."
No dia 27 de dezembro de 2001, foi difundido outro vídeo de Bin Laden no qual afirma: "Ocidente em geral, e os Estados Unidos em particular, têm um ódio pelo islã. O terrorismo contra os EUA é benéfico e está justificado".
Pouco antes das eleições presidenciais dos Estados Unidos de 2004, em um comunicado por vídeo, Bin Laden reconheceu publicamente a responsabilidade da al-Qaeda nos atentados dos Estados Unidos, e admitiu sua implicação direta nos ataques. Disse "nós decidimos destruir as torres na América. Deus sabe que não nos ocorreu originalmente essa idéia, mas nossa paciência se esgotou diante da injustiça e inflexibilidade da aliança entre Americanos e Israelenses contra o nosso povo na Palestina e no Líbano e então a idéia surgiu na minha mente."
Em uma fita de áudio transmitida pela Al Jazeera em 21 de maio de 2006, Bin Laden disse que ele dirigiu pessoalmente aos 19 sequestradores. Outro vídeo obtido pela Al Jazeera em setembro de 2006 mostra Osama bin Laden com Ramzi Binalshibh, assim como a dois sequestradores, Hamza al-Ghamdi e Wail al-Shehri, fazendo preparações para os atentados.
A Comissão Nacional sobre os Ataques Terroristas contra os Estados Unidos foi formada pelo governo dos Estados Unidos e é habitualmente conhecida como Comissão 11 de setembro. Publicou uma informação em 22 de julho de 2004, concluindo que os atentados foram elaborados e executados por membros da al-Qaeda. No informe da Comissão se encontra: "Os conspiradores de 11 de setembro gastaram finalmente entre $400.000 e $500.000 USD para planificar e conduzir seu ataque, mas as origens específicas do dinheiro usado para executar os ataques permanece desconhecido."
Motivações do ataque
Segundo conclusões das investigações oficiais do governo americano, os ataques cumpriam com a intenção declarada da Al-Qaeda, expressada na fatwa de 1998 de Osama bin Laden, Aymán al-Zawahirí, Abu-Yasir Rifa'i Ahmad Taha, Shaykh Mir Hamzah, e Fazlur Rahman (emir do Movimento Yihadista de Bangladesh).
A fatwa lista três "crimes e pecados" cometidos pelos Estados Unidos:
> Apoio militar a Israel.
> Ocupação militar da península arábica.
> Agressão contra o povo do Iraque.
Os sequestradores
Marwan al-Shehhi, suposto terrorista que assumiu o comando do voo 175 da United Airlines
Dezenove homens árabes embarcaram nos quatro aviões, cinco em cada um, exceto no voo 93 da United Airlines, que teve quatro sequestradores. Dos terroristas, 15 eram da Arábia Saudita, dois eram dos Emirados Árabes Unidos, um era do Egito, e um do Líbano. Em geral, eram pessoas com estudos e de famílias de posses.
A lista completa é:
Voo 11 da American Airlines:
Mohamed Atta (egípcio e suposto piloto)
Waleed al-Shehri (saudita)
Wail al-Shehri (saudita)
Abdulaziz al-Omari (saudita)
Satam al-Suqami (saudita)
Voo 175 da United Airlines:
Marwan al-Shehhi (dos Emirados Árabes Unidos e suposto piloto)
Fayez Banihammad (dos Emirados Árabes Unidos)
Mohand al-Shehri (saudita)
Hamzeh al-Ghamdi (saudita)
Ahmed al-Ghamdi (saudita)
Voo 77 da American Airlines:
Hani Hanjour (saudita e suposto piloto)
Khalid al-Mihdhar (saudita)
Majed Moqed (saudita)
Nawaf al-Hazmi (saudita)
Salem al-Hazmi (saudita)
Voo 93 da United Airlines:
Ziad Jarrah (Libanês e suposto piloto)
Ahmed al-Haznawi (saudita)
Ahmed al-Nami (saudita)
Saeed al-Ghamdi (saudita)
Entre os destroços do avião da Pensilvânia, restou praticamente intacta a fotografia do passaporte de um dos supostos terroristas, Ziad Samir Jarrah.
Outros seqüestradores potenciais
Vinte e sete membros da Al-Qaeda tentaram entrar nos Estados Unidos para tomar parte no atentado. Finalmente, somente 19 participaram. Os outros oitos são chamados de o vigésimo seqüestrador:
Ramzi Binalshibh supostamente queria formar parte dos ataques, mas lhe foi negado o visto para entrar no país.
Mohamed al-Kahtani, cidadão da Arábia Saudita pode também ter planejado unir-se aos seqüestradores, mas autoridades do Serviço de Imigração dos Estados Unidos no Aeroporto Internacional de Orlando negaram sua entrada ao país. Foi capturado posteriormente no Afeganistão e feito prisioneiro em Guantánamo.
Zacarias Moussaoui, segundo se informou, foi considerado como um possível substituto de Ziad Jarrah quando este ameaçou abandonar tudo devido a tensões entre os seqüestradores. Supostamente, a Al-Qaeda não confiava nele e se desfez da idéia. Foi preso em 16 de agosto de 2001, quatro semanas antes dos ataques por assuntos de imigração, ainda que os agentes do FBI acreditassem que ele tinha intenções violentas. Tinha recebido treinamento de voo nesse mesmo ano. Em abril de 2005, Moussaoui se declarou culpado de conspirar para o sequestro dos aviões e de participação na Al-Qaeda, mas negou ter conhecimento dos ataques de 11 de setembro. Moussaoui afirmou em março de 2006 que sob a direção pessoal de Osama bin Laden, em colaboração com Richard Reid, deveria sequestrar um quinto avião e jogar-lo contra a Casa Branca.
Seus advogados defensores disseram tratar-se de uma fantasia de Moussaoui, que nunca foi operativo da Al-Qaeda. Em um vídeo de maio de 2006, Osama bin Laden afirmou que Moussaoui não tinha conexão alguma com os sucessos de 11 de setembro dizendo que sabia disto pois "fui responsável de confiança dos 19 irmãos que levaram a cabo o ataque".
Em 3 de maio de 2006, um jurado federal recusou a pena de morte para os acusados e os condenou a 6 cadeias perpétuas em prisão sem condicional.
Em juízo, o agente do FBI Greg Jones testemunhou que com anterioridade aos ataques já havia avisado a seu supervisor Michael Maltbie, de que "evitara que Zacarias Moussaoui jogasse um avião contra o World Trade Center." Maltbie tinha se negado a atuar em 70 petições de outro agente, Harry Samit, para buscar o computador de Moussaoui.
Outros membros da Al-Qaeda que tentaram participar mas não conseguiram foram Saeed al-Ghamdi, Mushabib al-Hamlan, Zakariyah Essabar, Ali Abdul Aziz Ali, e Tawfiq bin Attash.
Grupos de apoio
Dentro dos Estados Unidos
Por volta de 1.200 estrangeiros foram presos e encarcerados secretamente em relação à investigação dos ataques de 11 de setembro, ainda que o governo não tenha divulgado o número exato.
Os métodos utilizados pelo Estado para investigar e deter suspeitos tem sido severamente criticados por organizações de direitos humanos como Human Rights Watch e chefes de governo como a chanceler alemã Angela Merkel.
Até agora o governo dos Estados Unidos não falou a ninguém dos participantes da conspiração que realizaram as operações em terra.
Célula de apoio na Espanha
No dia 26 de setembro de 2005, a Audiência Nacional da Espanha dirigida pelo juiz Baltasar Garzón condenou a Abu Dahdah a 27 anos de prisão por conspiração nos atentados de 11 de setembro e por ser parte da organização terrorista Al-Qaeda. Ao mesmo tempo, outros 17 membros da Al-Qaeda foram condenados a penas de entre 6 e 12 anos. Em 16 de fevereiro de 2006, o Tribunal Supremo baixou a pena de Abu Dahdah a 12 anos porque considerou que sua participação na conspiração não estava provada.